Entre el 18 y 19 de junio de 1986 se desarrolló un motín en las cárceles en Perú, que obligó la intervención del ejército y terminó con la matanza de unos 400 reclusos de dicha organización.
En el marco de una Conferencia Mundial de la Internacional Socialista dirigida por el presidente peruano de aquel momento, Alan García Pérez, los presos del Partido Comunista del Perú iniciaron un motín en tres penales (El Frontón, San Juan de Lurigancho y en el de mujeres Santa Bárbara).
En la cárcel de Lurigancho los carceleros entraron a buscar armas y, al no encontrarlas, decidieron separar a los reclusos comunes de los catalogados como “terroristas”, cortándoles el suministro de agua y comida.
El 19 de junio se sumaron otras cárceles a la protesta y un operativo militar-policial integrado de entre 700 y 1.000 efectivos del ejército y 200 de la Guardia Republicana ejecutaron la orden de exterminio. “Nadie podía salir vivo”, fue la consigna.
Los prisioneros comenzaron a salir uno a uno y fueron obligados a tirarse al suelo con las manos en la nuca para ser exterminados.
En la prisión de mujeres de Santa Bárbara iniciaron una huelga, que originó la suspensión de las visitas, lo que provocó una serie de protestas en las afueras del penal.
Mientras que en El Frontón abrieron fuego con ametralladoras sin objetivo claro, también dispararon dos misiles para matar a los reclusos. Según familiares, las víctimas fueron entre 350 a 450 presos, pero el Estado sólo reconoce entre 60 y 80.
El 16 de agosto del 2000 el Tribunal Interamericano de Derechos Humanos responsabilizó al Estado por el caso de la matanza de los penales, alegó que era su obligación aclarar los hechos sucedidos y a los responsables.