Tanto Villarejo como Martín Blas-Aranda han sido desde el principio de la legislatura policías de la máxima confianza del Ministerio del Interior, y ambos están relacionados con las maniobras policiales contra el proceso soberanista en Cataluña. Pero un enfrentamiento entre ellos a raíz de la investigación que Asuntos Internos llevó contra agentes del cuerpo en relación con la Operación Emperador –que acabó con la mayor red de blanqueo chino en España– terminó convirtiéndose en una auténtica batalla interna, recrudecida por el caso de Francisco Nicolás Gómez Iglesias, llamado el «Pequeño Nicolás», detenido por Asuntos Internos y quien vinculó al comisario Villarejo en la trama investigada. Un informe de Asuntos Internos llegó a situar por error a Villarejo en una de las reuniones del joven documentadas en el sumario de la causa.
En el sumario abierto contra el «Pequeño Nicolás», el Caso Nicolay, aparecen testimonios en los que el joven acudía a un “workcenter” para imprimir informes del CNI, la Zarzuela o la Vicepresidencia del Gobierno.
El comisario jefe de Asuntos Internos, Marcelino Martín Blas, pasaba desde hace semanas por un periodo de vacaciones en el que ya estaba decidido que no regresaría a su puesto. El cargo fue incluso ofrecido por la Dirección de la Policía a varios comisarios, que lo rechazaron. Finalmente, será ocupado por el hasta ahora jefe de la Brigada Central de Estupefacientes, Francisco Migueláñez.
Desde que aparecieron las informaciones del abultado patrimonio del comisario Villarejo y de su implicación en las maniobras contra el proceso soberanista, el ministro de Interior, Jorge Fernández Díaz, ha optado por protegerle. En este sentido, encargó una investigación sobre la grabación de la entrevista con Ignacio González y su posterior difusión a un subordinado de Villarejo que trabaja actualmente con él en la Dirección Operativa Adjunta de la Policía.