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| El dirigente checheno Masjadov levanta el puño |
Yeltsin envía tropas para atacar Grozni, estabilizar la región, frenar las tendencias independentistas y garantizar la variante rusa de los oleoductos que cruzan el Cáucaso. La guerra se prolongó durante varios meses. La ofensiva acorazada se produce por tres frentes pero choca con una fiera resistencia. Grozni padece un bombardeo intensivo que destruye su centro histórico. La guerra costó más de 50.000 muertos y una importante cantidad de refugiados. Los chechenos se repliegan hacia las montañas y los rusos consiguen ocupar una gran parte del territorio.
Pero la guerra provocó una fuerte crisis política en el interior de Rusia. Actuó como aglutinante de la oposición a Yeltsin. Parte de las fuerzas armadas, de la cúpula de la Iglesia ortodoxa y de las masas se manifestaron en contra de una política vacilante hacia Chechenia que sólo respondía a los vaivenes de la correlación de fuerzas en el Kremlin. Negociaban cuando la popularidad del Gobierno era mínima (junio de 1995) o cuando estaba en juego su continuidad (elecciones de agosto de 1996) y, por otro lado, desencadenaron acciones militares extremadamente violentas (por ejemplo, la conquista de Samachki), como medio de afianzar su influencia en el país.
La guerra fue encarnizada, en especial para el pueblo checheno, pero también para el ejército ruso, objeto de las represalias de las milicias chechenas. En 1995 Basaiev dirigió durante dos días el secuestro de 2.000 personas en el hospital de Budionnovsk (sur de Rusia) que dejó un saldo de 150 muertos y 400 heridos, en su mayor parte pacientes o personal médico. En abril de 1996 Dudaiev fue ejecutado por el lanzamiento de un misil teledirigido por el ejército ruso. Su cuerpo no apareció.
En agosto de aquel año Yeltsin decidió modificar su estategia. Encomendó a Alexander Lebed, un general ruso, secretario del Consejo de Seguridad y opuesto a la intervención militar en el Cáucaso, negociar la paz con Yandarbiev. Son los llamados Acuerdos de Jasaviurt que establecieron el fin de las hostilidades, la retirada de los tanques rusos y una moratoria de cinco años sobre el estatuto político de Chechenia, tras el cual se convocaría un referéndum. El plan supone, de facto, la autonomía total.
Comienza una nueva etapa para Chechenia, que no dudó en utilizar los acuerdos alcanzados para actuar como si de un Estado independiente se tratase. Prueba de ello fue la proclamación, inmediatamente después del acuerdo, de la ley islámica, la declaración por parte del Parlamento checheno del ruso como idioma extranjero e incluso la solicitud de establecimiento de relaciones diplomáticas plenas entre los dos Estados.
En enero de 1997 unas elecciones presidenciales reconocidas tanto por la OSCE como por el Kremlin, otorgaron a Masjadov la presidencia del gobierno. El nuevo presidente tuvo que hacer frente a dos grandes problemas: la situación económica cada vez más precaria y los embates de los sectores wahabitas dirigidos por Basaiev.
En agosto de 1999 Putin fue elegido primer ministro y en diciembre Yeltsin renunció a la presidencia. Pero el acontecimiento más importante de aquel año fue la invasión del Daguestán, vecino de Chechenia, por Basaiev y sus seguidores. Fue un intento de provocar una nueva guerra a una escala aún más vasta con la esperanza de generar un levantamiento islámico en toda la región. Tras los chechenos estaban los wahabitas saudíes y Estados Unidos, interesados en desestabilizar la región e impedir la consolidación de la paz.
Empezó así la segunda guerra en la que el ejército ruso arrasó Grozni, bombardeada masivamente de septiembre a marzo del siguiente año. Cuando los rusos toman Grozni en la primavera de 2000, las operaciones militares de gran envergadura se trasladaron del llano a la montaña, donde continuó la resistencia. Aunque el ejército ejecutó duras operaciones de limpieza, los yihadistas redoblaron sus fulgurantes y demoledores golpes. En septiembre de aquel año Rusia padeció tres atentados que, en una semana de horror, dejaron 230 muertos.
A diferencia de la anterior, esta segunda guerra generó escasa oposición en Rusia. Estaba estratégicamente vinculada a la daguestaní y también complicó las relaciones con Georgia, una república sumida durante años en una profunda crisis. Se abrió así un nuevo frente de guerras chechenas añadido a otros conflictos del Cáucaso con epicentro en el corredor de Pankisi (frontera común checheno-georgiana).
En marzo de 2000 Putin inició su presidencia designando en junio al antiguo jurisconsulto musulmán (muftí) de Chechenia, Ajmad Kadirov, como presidente del gobierno local. Después del 11 de setiembre de 2001, tendrá un buen argumento para justificar la prolongación de la guerra en Chechenia como parte integrante de la guerra contra el terrorismo fundamentalista.
En octubre de 2002 se produjo el secuestro del teatro Dubrovka de Moscú, dirigido por Movsar Barayev, sobrino de Shamil y acusado de varios crímenes sanguinarios. La policía terminó con los 41 secuestradores pero también gaseó mortalmente a 129 de los 700 rehenes. Durante el asalto, las tropas rusas utilizaron un gas somnífero que no quisieron identificar.
Los rusos siempre afirmaron que el comando checheno recibió ayuda de numerosos cómplices en Moscú para preparar la operación. Una fuente gubernamental indicó que los insurgentes fueron informados sobre lo que ocurría fuera del teatro por un centro analítico. Ese centro recogía información de varias fuentes, incluido el cuartel general de la operación de rescate, la procesaba y enviaba instrucciones a los secuestradores. Es muy probable que se tratara de una agencia de espionaje imperialista, posiblemente británica o estadounidense, con el apoyo de algunos miembros de los propios servicios secretos rusos.
