A pesar de que la congregación marca el inicio de la intervención de ciertas corrientes islámicas en las batallas políticas, no se considera a sí misma como un partido, lo que permite a sus miembros estar presentes en todos ellos. En occidente lo calificaríamos como uno de esos “movimientos sociales” tan actuales, aunque también desempeña tareas asistenciales típicas de las ONG.
En Siria los Hermanos Musulmanes se asentaron en las principales ciudades, desde donde empezaron a infiltrarse en el funcionariado, especialmente en el ejército y la policía. Su gran enemigo fue siempre el partido Baas, en el gobierno desde 1970, por su carácter multiconfesional y panarabista.
En 1979, cuando se lanzaron a la lucha armada, tenían unos 10.000 militantes activos. Eran la primera fuerza de oposición al gobierno de Hafez Al-Assad, aunque internamente estaban divididos por dos motivos fundamentales: la lucha armada y los acuerdos con otros partidos de oposición al Bass.
La campaña terrorista desatada por los Hermanos Musulmanes en Siria es característica de las que posteriormente se han conocido en otros lugares, como Argelia en los años noventa. Las víctimas fueron tanto militares como civiles, pero la masacre más sangrienta fue el asesinato de 83 cadetes de la Escuela de Artillería de Alepo en 1979, porque expresa mejor que nada el carácter confesional de los Hermanos Musulmanes. El comando que entró armado en la Academia reunió a los cadetes y separó a los alauitas para matarles exclusivamente a ellos, y no a los sunitas.
También colocaron explosivos en edificios oficiales, sedes del partido Baas y viviendas particulares. Un miembro de los Hermanos Musulmanes que pertenecía a la Guardia Presidencial intentó asesinar a Hafez Al-Assad durante una recepción oficial el 26 de junio de 1980. Una bomba colocada en Damasco, causó 175 muertos el 29 de noviembre de 1981.
En febrero de 1982 trataron de sublevar a la población en Hama en contra del gobierno. Mataron a casi 300 militantes del partido Baas, pero el levantamiento fracasó, desencadenando una feroz represión. Los medios de comunicación hablan de esta segunda parte, la represión, pero no de la primera. El ejército bombardeó el centro de la ciudad indiscriminadamente, matando a miles de personas.
La población siria ha vivido todos estos años bajo la pesadilla de aquellas matanzas. En julio de 1980 el gobierno aprobó la ley número 49 que ha perdurado hasta la guerra actual, constituyendo una de las excusas de la Primavera Árabe en Siria. Dicha ley declara a los Hermanos Musulmanes fuera de la ley e impone la pena de muerte a sus militantes.
Además, en 1981 Al-Assad desató una vasta depuración para expulsar a los Hermanos Musulmanes de los aparatos del Estado: 400 oficiales salieron de la policía y el ejército y 300 militantes del partido Baas fueron ejecutados.
La lucha armada no pudo continuar y el movimiento retrocedió, refugiándose en las tareas asistenciales. Una parte importante de los cuadros buscaron asilo en Turquía, países del Golfo y Europa occidental, donde han permanecido hasta que la Primavera Árabe les ha dado una segunda oportunidad. También se vieron obligados a pactar con otros grupos de la oposición, entre ellos una facción pro-irakí del partido Baas, lo que les permitió tener una retaguardia y una emisora de radio en el país vecino.
La lucha armada y los pactos políticos provocan varias escisiones en el seno de la congregación, una de las cuales, encabezada por Adnan Okla, se denominó Vanguardia Combatiente. En su conjunto la importancia política de la congregación decreció considerablemente y, al mismo tiempo, la situación política se relajó. Incluso iniciaron negociaciones con el gobierno, especialmente tras la llegada del hijo de Hafez Al-Assad en 2000 que empezó a sacar a los presos políticos de las cárceles.
Sin embargo, para preparar la Primavera Árabe, en 2010 los imperialistas cambiaron a la dirección (shura) de la congregación y rompieron unilateralmente la tregua con el gobierno. Los Hermanos Musulmanes eran los únicos que podían aportar un mínimo sostén popular al levantamiento. En Turquía Erdogan mueve los hilos de la congregación para crear el Consejo Nacional Sirio, donde se agrupan los figurantes de la oposición en el exilio. La mayor parte de ellos hacía décadas que no vivían en el interior de Siria; otros ni siquiera tenían la nacionalidad.
Desde la invasión de Irak en 2003, otra parte de la congregación, la Vanguardia Combatiente, había estrechado sus lazos con Al-Qaeda. De esa unión saldrán los primeros comandos que en 2011 reanudarán la lucha armada en Siria bajo el patrocinio del imperialismo y el nombre de Primavera Árabe.
Los Hermanos Musulmanes, pues, aportan todos sus efectivos al levantamiento, desde los cuadros políticos, hasta los humanitarios, pasando los militares y los contactos con los servicios de inteligencia de los países vecinos, especialmente con la Turquía de Erdogan. La dirección del movimiento tenía su sede principal en Estambul, donde a través de uno de sus cabecillas, Mohamad Faruk Tayfur, concluye un acuerdo a comienzos de 2012 con el MIT para crear una Brigada de Unificación compuesta por 14 secciones.
En el comienzo del levantamiento, el movimiento juega un doble juego que hasta la fecha le ha permitido quedar fuera de todos los listados internacionales de organizaciones terroristas. Por un lado, se presenta en las cancillerías occidentales como una fuerza moderada frente a los yihadistas. Por el otro, crea sus propias organizaciones armadas, apoya a algunas de ellas y firma acuerdos con otras, incluida al Al-Qaeda.
Este complejo proceso de alianzas se ve favorecido cuando, bajo la presión del imperialismo, el gobierno de Damasco se ve forzado a liberar a gran cantidad de yihadistas que estaban presos en sus cárceles. Así, miembros destacados de los Hermanos Musulmanes, como Hassan Abbud, están entre los fundadores de Ahrar Al-Sham en mayo de 2011, siendo la primera organización que admite en su seno a extranjeros reclutados por todo el mundo.
Otro de los fundadores de dicha organización yihadista es Abu Jaled Al-Sury que, al mismo tiempo, era miembro de Al-Qaeda. En medio de las rencillas, fue asesinado por kamikazes del Califato Islámico en Alepo en febrero de 2014.
El entramado de movimientos tiene desde el principio un componente económico, de manera tal que financiaba al mismo tiempo que era financiado. Por ejemplo, uno de los responsables económicos de la Brigada de Unificación, Abdel Aziz Salamah, era al mismo tiempo el delegado comercial de los Hermanos Musulmanes en el norte de Siria y mantenía vínculos muy estrechos con la Cama de Comercio turca, cuyo presidente es uno de los dirigente del AKP en Ankara.