Para impedir la aplicación efectiva de esta conquista del movimiento por los derechos democráticos, el Estado reaccionó creando una comisión secreta denominada Mississippi State Sovereignty Commission. No se trató sólo de una decisión del gobernador Coleman sino de todo el aparato político y los altos funcionarios del Estado, cuya identidad permanece oculta hasta el día de hoy. Una parte de los archivos relativos a los políticos involucrados y sus crímenes fueron destruidos y el resto se ha declarado secreto hasta 2027.
La comisión colaboró estrechamente con el Ku Klux Klan para incitar al odio racial, el asesinato, urdir denuncias falsas, secuestrar y incendiar y también infiltrar los movimientos por los derechos civiles, grabando sus reuniones privadas y apoderándose de sus documentos internos. Los negros que se inscribían en el censo electoral para poder votar eran incluidos en una lista como «enemigos del Estado», desahuciado de su vivienda y despedido de su trabajo.
Un caso típico fue el de Clyde Kennard, un joven negro, veterano de la Guerra de Corea, que a finales de 1950 intentó matricularse en la Universidad del Sur de Mississippi en tres ocasiones diferentes. La comisión secreta investigó a Kennard y su familia, su educación y su hoja de servicios en el ejército en busca de cualquier indicio que pudieran utilizar para impedir que asistiera a una universidad totalmente blanca. Al no encontrar nada, la policía, con la ayuda de la comisión secreta, acusó a Kennard de un delito inexistente. Fue detenido y condenado a siete años de prisión. Le liberaron en 1963 dos meses antes de que muriera como consecuencia de un cáncer contraído en la cárcel.
Un reciente documental «Espías de Mississippi» (Spies of Mississippi) del director Dawn Porter denuncia que la comisión reunió más de 160.000 páginas de informes sobre los movimiento por los derechos civiles para hostigar a sus militantes. En total, unas 87.000 personas fueron espiadas por el organismo, que a veces compartió sus informes con la policía, que a menudo pertenecían a los grupos locales del Ku Klux Klan.
La película argumenta que los informes de la comisión desempeñaron un papel decisivo en el infame asesinato de militantes como James Chaney, Andrew Goodman y Michael Schwerner, durante el llamado «Verano de la Libertad» de 1964, cuando los militantes que defendían los derechos civiles estaban en plena campaña de movilizaciones.
Jerry Mitchell, periodista del Clarion-Ledger de Jackson, dedicó casi toda su vida a investigar los crímenes racistas en Mississippi. En 1989 consiguió que se publicaran más de 2.400 páginas de los registros de la comisión, que utilizó para reabrir muchos sumarios de la época de los derechos civiles que habían quedado archivados. Su trabajo contribuyó a que en 1994 se condenara al asesino de Medgar Ever, dirigente de los derechos civiles en Mississippi, y abrió la puerta para 23 condenas más.
En 1988 el triple asesinato del Ku Klux Klan inspiró el rodaje de la extraordinaria película «Arde Mississippi», de Alan Parker.
(¿Hemos hablado de la Stasi? ¡No! ¡Nos referimos a Estados Unidos hace sólo unos pocos años!)