La consideración que el sector conservador de la judicatura y el Partido Popular tienen de Grande-Marlaska provocaron que llegara a integrar una reducida terna de candidatos valorados por Moncloa a finales de 2016 para suceder a Consuelo Madrigal al frente de la Fiscalía General del Estado, un puesto que al final ocupó José Manuel Maza.
Fernando Grande-Marlaska llegó a la Audiencia Nacional en 2004 en comisión de servicios, pero fue al año siguiente cuando se colocó bajo el foco mediático al hacerse cargo del Juzgado de Baltasar Garzón, de licencia por estudios. Garzón era ya el instructor preferido por Policía y Guardia Civil para las causas de terrorismo y Grande-Marlaska no tardó en heredar el favor de los mandos de la lucha antiterrorista, que reconocen en el magistrado un fiel colaborador en su combate a ETA. Los abogados de la izquierda abertzale señalan al juez por haber ignorado por sistema las denuncias por torturas.
El 4 de mayo de 2006, el juez Grande-Marlaska dirigió una operación policial contra una red de cobro del impuesto revolucionario entorno al bar Faisán de Irún. El operativo, dirigido contra un objetivo controlado desde hace décadas por los servicios de Información e Inteligencia, se desató sin embargo en pleno proceso de paz del Gobierno de Zapatero. El chivatazo policial a uno de los miembros de la red de extorsión originó el denominado caso Faisán, ariete con el que la oposición del Partido Popular embistió una y otra vez contra la política antiterrorista de los socialistas.
Al regresar Garzón, Grande-Marlaska quedó adscrito a la Sala de lo Penal y se encargó durante un tiempo del Juzgado Central de Instrucción número 3. Allí instruyó el caso del Yak-42, que archivó por no encontrar “responsabilidad penal relevante” en la cúpula militar del Ministerio de Defensa que dirigía Federico Trillo. La Sala de lo Penal corrigió aquella decisión y la causa llegó a juicio.
El anterior Consejo General del Poder Judicial eligió a Fernando Grande-Marlaska para presidir la Sala de lo Penal de la Audiencia Nacional en febrero de 2012. Aquel Consejo, de mayoría progresista, estaba integrado por Margarita Robles, la que será compañera del magistrado en el próximo Consejo de Ministros como titular de Defensa y responsable del Centro Nacional de Inteligencia. Dos jueces controlaran, por tanto, la actuación de policías, guardias civiles y agentes del servicio secreto.
Durante su Presidencia de la Sala de lo Penal creció el enfrentamiento sin precedentes que se vive entre sus miembros y que llega hasta el día de hoy. Ese enfrentamiento se visibilizó en la recusación de Enrique López y Concepción Espejel por su proximidad al PP.
La mayoría de los magistrados de la Sala de lo Penal votaron a favor de que se apartaran de los juicios de Gürtel y caja B, pero algunos de los que se posicionaron en sentido contrario emitieron un voto particular denunciando una “campaña mediática” para desprestigiar a esos dos jueces. El nuevo ministro del Interior del PSOE firmó aquel voto particular. El enfrentamiento encarnizado entre los jueces de la Sala de lo Penal que presidía Grande-Marlaska anuló sus posibilidades de ser elegido fiscal general del Estado, según fuentes conocedoras de aquel proceso de selección.
Grande-Marlaska dejó la Sala de lo Penal porque el Partido Popular le propuso como vocal del Consejo General del Poder Judicial. En el nuevo modelo que inauguró Carlos Lesmes, una comisión permanente actuaría como puente de mando. Junto al presidente, siete vocales serían los únicos liberados, con asignación mensual, que tomarían decisiones sin necesidad de que se convocara el pleno. En ese núcleo duro se integró a principios de 2017 el juez Grande-Marlaska, quien tuvo que abandonar así la Presidencia de la Sala de lo Penal de la Audiencia Nacional.
En contra de acercar presos a Euskadi
Con ETA disuelta, el nuevo ministro del Interior se deberá enfrentar a la petición de acercamiento a cárceles del País Vasco a los condenados por terrorismo. En 2015, tres años después del anuncio del final de la violencia, la Audiencia Nacional avaló la decisión del juez de vigilancia penitenciaria de rechazar la petición de una veintena de presos de ETA en ese sentido. En un auto redactado por Grande-Marlaska, el juez aseguró que la política de dispersión no conculca derechos fundamentales como los de defensa, el de comunicación o visita de sus familiares o el de asistencia médica y de acceso a la cultura.
A finales de abril de 2014 se produjeron unas votaciones trascendentales en el Poder Judicial para renovar magistrados en el Tribunal Supremo. El acuerdo entre el sector conservador y progresista se rompió por desavenencias en este último bloque y surgió un nuevo candidato para la Sala de lo Contencioso Administrativo del Alto Tribunal. El presidente Lesmes puso encima de la mesa el nombre de José Luis Requero, un juez ultra conocido por sus declaraciones homófobas.
Grande-Marlaska, casado y quien nunca ha escondido su homosexualidad, se ha pronunciado en reiteradas ocasiones a favor de los derechos de la comunidad gay. En aquella votación no se desmarcó del resto de vocales conservadores y apoyó el nombramiento de Requero, quien había comparado el matrimonio gay con el de “un hombre y un animal”.
En septiembre de 2016, durante una entrevista en la cadena Cope, fue preguntado por la conveniencia de que el magistrado Cándido Conde-Pumpido instruyera en el Supremo la causa contra Rita Barberá. En lugar de defender a su compañero, el vocal conservador del CGPJ dijo que prefería no dar su opinión “para no generar desconfianza”. Jueces y Juezas para la Democracia, la asociación progresista de magistrados en la que se ha apoyado históricamente el PSOE, pidió públicamente el cese de Grande-Marlaska como vocal del Poder Judicial.
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